Mirosul fecalelor este legat în principal de procesele putrefactive care afectează aminoacizii scăpați de absorbția intestinală. Acești nutrienți sunt de fapt interceptați de bacteriile colonului, supuse unui proces de decarboxilare care produce următoarele amine toxice:
arginină → agmatină
cistină și cisteină → mercaptan
histidină → histamină
lizină → cadaverină
ornitină → putrescină
tirozină → tiratină
triptofan → indol și skatol
Multe dintre aceste substanțe conferă scaunului un miros deosebit de neplăcut. Scaunele devin destul de mirositoare chiar și atunci când rămân în intestin mult timp, precum și în cazurile de malabsorbție menționate anterior (boală celiacă, insuficiență pancreatică, infecții intestinale, boala Crohn, colită ulcerativă, sindromul intestinului scurt, fibroză chistică, ficat boală și tractului biliar și boli gastrice însoțite de hipoclorhidrie). Când malabsorbția este în principal proteică, mirosul fecalelor este greață, în timp ce devine acru și pătrunzător atunci când cantități mari de zaharuri și amidonuri neabsorbite sau prost digerate ajung în colon, apoi fermentate de flora locală cu producția de acizi grași volatili .
Diareea și fecalele vegetariene au un miros slab.
Fecalele cu miros de pește sau spermatozoizi sunt caracteristice dizenteriei bacilare, ale holerei și, în general, ale mucoreei.
Pe scurt, mirosul fecalelor este, prin urmare, influențat de obiceiurile alimentare (cantitate de proteine, alimente aromate precum usturoiul sau ceapa etc.), de flora bacteriană intestinală, de starea de sănătate și de obiceiurile specifice (cum ar fi fumatul sau mestecatul) În general, consumul de mese mici și bine echilibrate, fără a asocia cantități mari de alimente „incompatibile” (a se vedea dieta disociată), ajută la optimizarea proceselor digestive, reducând incidența tulburărilor precum meteorismul și flatulența și oferind scaun un miros sui generis.
Orice caz în care mirosul neplăcut al scaunului este însoțit de simptome precum scaune negre, gudronate sau palide, prezență de sânge în acestea, febră, frisoane, crampe abdominale severe, prezență abundentă de mucus în scaun și scădere în greutate.
