PH-ul scaunului este în mod normal neutru sau ușor alcalin (6,8 - 7,5). Scaunele mai acide, fiziologice doar la nou-născut, pot indica infecții intestinale (Escherichia coli, Rotavirus) sau tulburări digestive, cum ar fi lactoza sau intoleranța la grăsimi (steatoree din cauza insuficienței pancreatice sau a stazei biliare).
PH-ul scaunului este influențat de obiceiurile alimentare ale subiectului; de exemplu, dietele excesiv de bogate în carne și produse lactate fac scaunul mai alcalin. Flora bacteriană intestinală putrefactivă, de fapt, demolează aminoacizii care au scăpat de absorbție, generând amine toxice și urât mirositoare; în consecință, pH-ul fecalelor tinde să crească ca urmare a producției crescute de amoniac. Prin urmare, nu este o coincidență faptul că un pH fecal prea alcalin, însoțit de o reducere a acizilor grași cu lanț scurt (vezi butiratul), a fost legat de un risc crescut de cancer colorectal.
Dacă pH-ul fecalelor tinde să crească în prezența disbiozei putrefactive, acesta tinde să scadă în prezența disbiozei fermentative, ale cărei cauze se regăsesc în ingestia excesivă de carbohidrați sau într-o absorbție proastă a acestora ( boala celiacă). Chiar și în prezența unui „aport abundent de lipide, în dietele vegetariene și în postul prelungit, pH-ul scaunului devine acid.
Pentru a evita denaturarea rezultatelor testului, scaunul nu trebuie să fie contaminat cu urină și trebuie refrigerat rapid pentru a preveni amoniacul urinar și bacteriile putrefactive de a alcaliniza pH-ul fecal.